Проблема решилась, помогли стандартные настройки поиска и отключение кеширования обложек (этот флажок я ранее не снимал). И обложки не загружались только в папках с путями Albumname\CD1\filename.cue, в папках Albumname\filename.cue все работало. Странный был глюк, ранее он не проявлялся.
Заметил, что при проигрывании некоторых плейлистов и наличии в той же папке файла с обложкой альбома она не отображается в окне. Очистка кэша обложек, переименование и замена файлов и изменение настроек результата не дали.